重慶直轄市設立后，在原四川省涪陵市人民檢察院的基礎(chǔ)上，1998年5月新設立了重慶市人民檢察院第三分院（機關(guān)地址：重慶市涪陵區(qū)太極大道63號）。下轄涪陵區(qū)、南川區(qū)、武隆區(qū)、豐都縣、墊江縣等5個基層檢察院。轄區(qū)面積1.29萬平方公里，常住人口372.5萬。
分院現(xiàn)有在編人員83人，其中，員額檢察官26人，檢察輔助人員和司法行政人員57人；大學本科及以上學歷80人，其中：具有碩士學位23人、博士學位1人。
分院內(nèi)設辦公室、政治部（下設干部人事室、宣傳教育室）、檢察一部、檢察二部、檢察三部、檢察四部、檢察五部、檢察六部、檢察七部、檢察業(yè)務保障部、檢察事務保障部、檢務督察部等12個機構(gòu)。還設有派駐涪陵監(jiān)獄檢察室、派駐墊江監(jiān)獄檢察室、派駐南川監(jiān)獄檢察室，機關(guān)黨委、機關(guān)紀委和機關(guān)工會。
建院以來，我院先后榮獲重慶市文明單位、重慶市愛國衛(wèi)生先進單位、全市檢察機關(guān)文化建設示范院、全國檢察機關(guān)文明接待室等榮譽。近五年來，共有43件案件入選最高檢、全市檢察機關(guān)指導性案例、典型案例，獲得國家、市級表彰獎勵集體32項、個人73人次。
2023年，三分院黨組提出“創(chuàng)一流、創(chuàng)唯一，爭先進、爭先行”工作思路，突出司法辦案，強化規(guī)范管理，夯實隊伍建設，著力在工作的質(zhì)量、效果、影響上下功夫，帶領(lǐng)隊伍圍繞中心工作全面履行好各項檢察職能，推動檢察工作再上新臺階。
